Ο Εμμανουήλ Προκοπάκης είναι Καθηγητής Ωτορινολαρυγγολογίας της Ιατρικής Σχολής του Πανεπιστημίου Κρήτης. Επίσης είναι Διευθυντής της Ωτορινολαρυγγολογικής Κλινικής του Πανεπιστημιακού Νοσοκομείου Ηρακλείου Κρήτης. Στα εξωτερικά ιατρεία και στις ειδικές μονάδες του Ωτορινολαρυγγολογικού (ΩΡΛ) τμήματος του Πανεπιστημιακού Νοσοκομείου Ηρακλείου (ΠαΓΝΗ), ο κ. Προκοπάκης και οι συνεργάτες του εξετάζουν και χειρουργούν περί τα 5.000 άτομα κάθε χρόνο.

Εκτός από την απασχόληση του με τις ωτορινολαρυγγολογικές παθήσεις, στο ΩΡΛ τμήμα του ΠαΓΝΗ εκπαιδεύει φοιτητές ιατρικής, ειδικευόμενους ιατρούς ωτορινολαρυγγολογίας και γενικής ιατρικής, μετεκπαιδευτικούς φοιτητές, αλλά και αλλοδαπούς φοιτητές των προγραμμάτων Erasmus. Ταυτόχρονα είναι Διευθυντής του Εργαστηρίου Ωτολογίας και Νευροωτολογίας του ΠαΓΝΗ. Από το 2019 είναι επίσημος εκπρόσωπος της European Rhinologic Society στο "Expert Panel of Biomedical Alliance in Europe", στην Ευρωπαϊκή Επιτροπή. Επίσης είναι υπεύθυνος της Ευρωπαϊκής Ρινολογικής Εταιρείας για όλες τις κλινικές μελέτες Delphi. Στο διάστημα 2009-2010 εργάστηκε με μετεκπαιδευτική άδεια ως επισκέπτης Καθηγητής στο τμήμα Ωτορινολαρυγγολογίας του Πανεπιστημίου Leuven, στο Βέλγιο. Εκεί επικεντρώθηκε στην χρήση των Laser στην ΩΡΛ, καθώς και στην παθολογία και την χειρουργική της ρινός και των παραρρινίων, με ιδιαίτερη έμφαση στην λειτουργική ρινοπλαστική.

Στο παρελθόν (1994-1995) έχει εκπληρώσει εξειδίκευση (Research Fellowship) στο Department of Otorhinolaryngology, at the University of Pittsburgh School of Medicine, στις ΗΠΑ. Εκεί επικεντρώθηκε στην έρευνα των κακοηθειών των σιελογόνων αδένων, της ρινός, παραρρινίων και βάσης κρανίου.

Ο κ. Προκοπάκης έχει διδακτορική διατριβή στην Πολυφασματική Απεικόνιση της Τραχηλοπροσωπικής Χώρας, με ιδιαίτερη έμφαση στην αντικειμενική non-contact εκτίμηση και παρακολούθηση της κατανομής διαφόρων φαρμακευτικών ουσιών στον ρινικό βλεννογόνο. Η παρούσα ερευνητική δραστηριότητα του κ. Προκοπάκη σχετίζεται με την παθολογία και ανοσολογία του ανώτερου αναπνευστικού, την λειτουργική ρινοπλαστική, τον καλοήθη παροξυσμικό ίλιγγο θέσεως, την χειρουργική του θυρεοειδούς αδένα, την χρήση βλαστοκυττάρων στην οσφρητική οδό, την precision medicine στην ΩΡΛ, καθώς και με την ΩΡΛ χειρουργική παίδων. Τα τελευταία χρόνια είναι εκπαιδευτής σε διάφορα course ρινοπλαστικής, όπως το Excellence in Rhinoplasty European Course των Βρυξελλών, το Alpine Course της Crans Montana και το Shiraz Rhinology Course.

Ο κ. Προκοπάκης έχει συντάξει μαζί με τους συνεργάτες του στην Ευρώπη και στην Αμερική πολλές μελέτες. Τελευταία, συμμετείχε στις Ευρωπαϊκές μελέτες Predicta, σχετικά με την αλλεργική ρινίτιδα και τους ρινικούς πολύποδες. Τον τελευταίο χρόνο συμμετέχει ενεργά στην Ευρωπαϊκή Επιτροπή ειδικών για την εισαγωγή των βιολογικών παραγόντων στην Χρόνια Ρινοκολπίτιδα, αλλά και στην πολυκεντρική Rejection Study για τις ρινοπλαστικές στην Ευρωπαϊκή Ένωση. Επίσης συμμετέχει ενεργά στις εργασίες της Ευρωπαϊκής ομάδας ARIA (Allergic Rhinitiς and its impact on Asthma), αλλά και της EUFOREA (European Forum for Research and Education in Allergy and Airway Diseases) των οποίων είναι μέλος.

Ο κ. Προκοπάκης είναι συγγραφέας πάνω των 210 διεθνών δημοσιεύσεων σε περιοδικά με σύστημα κριτών, με περισσότερες των 5000 αναφορών (h-index: 38), ενώ του έχουν απονεμηθεί αρκετά ελληνικά και διεθνή βραβεία, όπως το 1ο Βραβείο της Αμερικάνικης Ακαδημίας ΩΡΛ (1999). Επίσης έχει προσκληθεί και έχει δώσει πάνω από 250 διαλέξεις, σε διάφορα διεθνή επιστημονικά συνέδρια, ενώ είναι συγγραφέας σε 17 κεφάλαια ελληνικών και ξενόγλωσσων βιβλίων. Παράλληλα έχει συμμετάσχει σε περισσότερες των 200 ανακοινώσεων σε διάφορα ιατρικά συνέδρια. Ιδιαιτέρως σημαντική είναι η συμμετοχή του στην συγγραφή και δημοσίευση του EPOS 2020, που αποτελεί την κορυφαία παγκοσμίως δημοσίευση κατευθυντήριων οδηγιών διάγνωσης και θεραπείας ασθενειών στην Ρινολογία. Είναι κριτής σε 30 ΩΡΛ περιοδικά, ενώ είναι μέλος του Εditorial Βoard σε 7 περιοδικά, όπως στο Β ΕΝΤ της Βασιλικής Ακαδημίας ΩΡΛ του Βελγίου, στο Rhinology (επίσημο περιοδικό της European Rhinologic Society), καθώς και στο Journal of Clinical Medicine.

Επίσης είναι ενεργό μέλος σε αρκετές Ακαδημαϊκές Εταιρείες, όπως η Ελληνική Εταιρεία ΩΡΛ – Χειρουργικής Κεφαλής και Τραχήλου, η Belgian Royal Rhinologic Society, η International Rhinologic Society, η European Rhinologic Society, η European Academy of Facial Plastic Surgery, η European Academy of Allergy and Clinical Immunology και η American Academy of Otolaryngology Head and Neck Surgery.